Kurikulum  yang  dipergunakan  Pondok  Pesantren  Al-Manar  adalah  perpaduan antara kurikulum Pondok dengan kurikulum DEPAG dan DIKNAS dengan perbandingan 51 % kurikulum pondok dan 49 % kurikulum DEPAG/DIKNAS dengan jumlah jam KBM 145 jam pertemuan setiap semesternya, di tambah kegiatan ekstra selepas shalat maghrib dan selepas shalat subuh.